Traduco un post di texstar su pclinuxos.com che lui stesso mi passò una volta che mi ero incasinato con apt:
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Come riparare un Synaptic RPM database corrotto

Apri un terminale (Konsole)
Digita su e dai invio
Digita la password di root e invio

Rimuovi il db corrotto:
[root@localhost ~]# rm -rf /var/lib/rpm/__db*

Ricostruisci il database: (può essere lento, aspetta che abbia finito!)
[root@localhost ~]# rpm --rebuilddb

Verifica la presenza di installazioni duplicate:
[root@localhost ~]# dupeclean

Ripulisci l'apt
[root@localhost ~]# apt-get clean
[root@localhost ~]# apt-get autoclean

Digita exit (o ctrl+d)