Prova a lanciare il Test Speed di Synaptic (c'è un'iconetta apposita su cui devi cliccare, per avviarlo: la trovi fra i comandi vicini a quello relativo a Synaptic). Quando avrà fatto il suo lavoro, seleziona le prime 6 Repositories dell'elenco (si tratta di quelle più veloci in quel momento). Finito tutto quanto, lancia di nuovo Synaptic e fai un nuovo aggiornamento (naturalmente, a cominciar dalla "ricarica" dell'elenco dei "pacchetti")..

Se ben mi ricordo era sconsigliato utilizzare più repo insieme

Davvero? E come mai?
Io le uso da sempre (scelgo le 6 più veloci, in genere, dopo aver fatto il test di velocitò) e non ho avuto mai problemi... Però, se viene sconsigliata, magari è il caso che passi a usare un indirizzo solo.

cambia repository, quello svizzero è il più costante.

http://pclinuxos.it/node/712#comment-3127
http://pclinuxos.it/node/264

I pacchetti scaricati li "parcheggia" in una directory temporanea (in una "cartella temporanea", diremmo se fossimo in Windows) che viene poi svuotata allo spegnimento del PC.
Puoi anche selezionar l'opzione (in Synaptic) di scaricare senza installare (questo, serve se vuoi conservarti i vari pacchetti) e solamente dopo procedere ad installar gli aggiornamenti.
Tuttavia, non penso sia cosa molto comoda (salvo casi particolari) andarsi a conservare i vari pacchetti di aggiornamento (semplicemente perché tali aggiornamenti sono troppo frequenti e lo stesso pacchetto può essere aggiornato più e più volte, in casi non fequenti ma che comunque posson verificarsi, cosa che costringe a stare molto attenti quando si vanno a "conservare" i vari pacchetti).

Se è solamente una questione di aggiornamenti, la miglior cosa è di aggiornare tutto semplicemente usando Synaptic... Da quel che scrivi, in ogni caso, non è da escludersi che il tuo problema possa dipendere anche dalla versione di Java (difettosa oppure non aggiornata) che hai installata nel PCLinuxOS per il quale la Chat non ti funziona a dovere...