Probabilmente hai già provato...
ma con audacity o altro programma per registrare l'audio, puoi registrare correttamente con
il microfono?
In pratica il microfono non funziona solo con skype?
Hai verificato in KMix che il microfono sia abilitato?
In Impostazione ->Configura canali aggiungi anche mic booster che è il guadagno del microfono
e poi dal pannelo di controllo verifica il livello.
I'Input Source è Mic?
Nelle Impostazioni Skype in Dispositivo Audio il Microfono è su Default device e abilita Permetti a skype di regolare automaticamente i livelli del mixer.

Spero di esserti stato utile ciao