Se non riesci a controllare il firewall dal Control Center me la vedo dura!
A meno che qualcuno non lo sappia fare da shell
Comunque prova a fare un nuovo aggiornamento, ho visto che si è aggiornato qualcos'altro molto recentemente può darsi che il Control Center si "rianimi". Di più non saprei

Per configurate il firewall puoi installare Guarddog
che ti permette di confiurare in modo semplice e completo l'Iptable anche che non credo il problema sia li.
Se sei connesso con un router potresti evere le porte che usa amule chiuse o non reindirizzate sull' IP del computer. La versione vecchia di amule aveva HighID ? Hai aggiornato solo amule? Non hai cambiato niente sulla configurazione di rete?

ciao

Fai il test delle porte, è sicuramente lì il problema. Poi non è che come suggerisce bebolinux è cambiato il tuo indirizzo IP e dunque il router non ti apra più le porte?