Esisterà di certo (anche se io, sinceramente, non la pratico affatto): ma penso che Zafran (e -credo- anche Patel). qui sul Forum, saprà indicarti l'elenco dei possibili comandi.

Non ci sono comandi per ubuntu e altri per pclos.
Ci sono comandi per la bash che è il programma che usano praticamente tutti i linux e non solo.

Qui c'è qualche link da dove cominciare:

http://a2.pluto.it/ | la bibbia

http://www.matteolucarelli.net/bash/bashman.htm | diciamo un prontuario ma può sempre far comodo

http://forum.spaziogames.it/board/showthread.php?t=308711&page=1 | come sopra

http://www.istitutomajorana.it/forum/Forum-Shell-di-Linux-Terminale-o-Co... | ovviamente non poteva mancare

RIpulire in che senso?

Il caso di apt è un po' particolare perché apt, nato per i .deb di debian da gestire con dpkg, è stato modificato per i .rpm da gestire con rpm.
Infatti si dovrebbe parlare di aptrpm e non meravigliarsi troppo se le opzioni o le varie istanze del programma non corrispondono a quelle originali.

Questo non succede per quasi tutti gli altri programmi o comandi che girano nella bash e che sono identici in ogni distro, anche se, evidentemente, ogni distro tenderà a inserirli in un sistema in qualche modo diverso dalle altre.

Per fare un po' di pulizia, di tanto in tanto, uso BleachBit, attentamente impostato in modo da non crearmi problemi (lavora, insomma, solo laddove so di poter intervenire senza correre alcun rischio) e NON lo uso mai da root.

In genere l'unica pulizia che faccio io consiste nell'aprire la cartella /home e visualizzare i file nascosti.
Appariranno una valanga di cartelle punto-nome-del-programma che sono rimaste orfane perche' il pacchetto e' stato disinstallato. Si perderanno le ultime impostazione del programma se la sua cartella verra' rimossa e se si dovesse reinstallare apparira' come nuovo, ma inutile continuare a occupare spazio per qualcosa che non e' piu' installato.

NON rompi.
Se rompessi, probabilmente non saremmo qui.

Comincia a chiederti cosa vuoi fare con la shell e a trovare il modo per farlo.
Ti sorprenderà scoprire che è più limitato l'ambiente grafico di quello testuale, anche se ovviamente questo non è altrettanto intuitivo.
Fatti un giro negli ultimi 3 link che ti ho dato e vedrai che qualche spunto per cominciare lo trovi.
Per esempio prendi qualche script mio o di qualcun altro nel forum del majorana e vedi di capire cosa c'è scritto.
Le cose mie sono tanto elementari da funzionare benissimo come propedeutica.
Per il manuale di ogni comando basta digitare: «man comando» in una shell oppure guardi nella 'bibbia'.

La pulizia, io: mai fatta.
Ovvero ogni tanto guardo se val la pena vuotare ~/Trash e ~/tmp oltre a /tmp e tutte le cache dei browser.
Con bleachbit ebbi una brutta sorpresa e da allora non l'ho più riprovato.
Non voglio dare la colpa a lui, magari l'errore l'avevo fatto io, ma di sicuro tanto bisogno non ce n'è.

Molti usano bleachbit, si vede che ci si trovano bene.
Se non ce l'hai già installato, vai in synaptic e te lo metti.

Saluti ai pargoli.